Toen Tim de Cler opgroeide in Leiden was het niet meer dan logisch dat hij ging voetballen bij de  plaatselijke voetbalvereniging Lugdunum. Zijn vader had er in het eerste gespeeld, iets dat zijn broer later ook bereikte. Tim de Cler heeft het 1ste nooit bereikt, hij werd ontdekt door een Ajax scout en ging vanaf zijn twaalfde in de beroemde jeugdopleiding spelen.

In de jeugd van Ajax zat De Cler in dezelfde lichting als Cedric van der Gun en Andy van der Meyde. Dit drietal brak jaren later door in Ajax 1, waar De Cler onder achtereenvolgens Jan Wouters zijn opwachting maakte in de Amsterdam Arena. Toen Wouters werd ontslagen en Co Adriaanse het roer overnam belande De Cler op een zijspoor en stond hij zelfs op de nominatie om verhuurd te worden aan Germinal Beerschot Antwerpen. Maar de overgang naar Antwerpen werd op het laatste moment afgeblazen doordat Christian Chivu geblesseerd raakte.

Na een groot aantal wedstrijden werd ook Co Adriaanse ontslagen, waarna De Cler zich opnieuw moest bewijzen aan Ronald Koeman, die het helaas niet in hem zag zitten. Gelukkig was Adriaanse hem niet vergeten en maakte Tim de Cler de overstap naar AZ, waar hij na drie seizoenen zowaar het Nederlands elftal haalde.