Op zijn twintigste werd Jaap Stam gescout door FC Zwolle, hier debuteerde hij 15 augustus 1992 in de Eredivisie. Na één seizoen FC Zwolle, twee seizoenen Cambuur Leeuwarden en een half jaartje Willem II ging Stam in 1996 bij PSV spelen. Hier werd hij landskampioen en hij werd in 1997 verkozen tot 'Speler van het jaar'.

In 1998 vertrok hij naar Manchester United, hier won hij drie keer de landstitel, de FA Cup, de Champions League en de Wereldbeker. Hierna speelde hij nog voor Lazio Roma van 2001 tot 2004 en van 2004 tot 2006 bij AC Milaan.

Stam kwam in 2006 weer terug naar Nederland om voor Ajax uit te komen. Hij werd hier aanvoerder maar in oktober van 2007 maakte hij bekend met onmiddelijke ingang een eind te maken aan zijn voetbalcarrière.

26 juli 2008 staat een afscheidswedstrijd in Zwolle op het programma. Stam speelt met allerlei grote spelers, waar hij mee heeft samen gespeeld bij verschillende clubs, tegen het huidige team van Ajax.